Hãng hàng không lớn nhất của quốc gia, Japan Airlines (JL) có trụ sở tại Tokyo. Hãng có các chuyến bay thẳng đến khoảng 60 điểm đến trong nước và hơn 30 điểm đến quốc tế tại châu Á, châu Âu, châu Đại Dương, Bắc Mỹ và Nam Mỹ. JL là thành viên liên minh một thế giới và cũng có thỏa thuận liên danh với khoảng 30 hãng hàng không. Hãng có các loại dịch vụ: Hạng Nhất, Executive Class (tương đương với Hạng Thương gia), Hạng Phổ thông Cao cấp, Hạng J (chỗ ngồi Hạng Phổ thông với ghế lớn hơn) và Hạng Phổ thông. Hạm đội máy bay của hãng có nhiều loại hai khoang, ba khoang và bốn khoang. Trung tâm chính của Japan Airlines nằm tại Sân bay Haneda ở Tokyo (HND) và Sân bay Quốc tế Narita (NRT).